Ostenta el récord de dirigir al AJ Auxerre durante un periodo de cuarenta y cuatro años,[1] convirtiendo un equipo amateur en un equipo profesional, incluso llegando a militar en la Ligue 1 francesa, llegando a ser mundialmente conocido por ello.
El equipo continuó su línea ascendente, consiguiendo su primer título de liga en la temporada 1995-1996[4] y ganando la Copa de Francia en cuatro ocasiones (1993-94, 1995-96, 2002-03, 2004-05),[5][6] lo que convierte a Roux en el técnico francés con más Copas galas, empatado con André Cheuva.
[7] Roux fue el entrenador del AJ Auxerre desde 1961 (como jugador-entrenador) hasta 2005, con una pequeña interrupción en la temporada 2000-2001.
Durante su etapa al frente del club, el equipo se consolidó como una de las grandes potencias futbolísticas francesas,[9] así como una de las más renombradas canteras a nivel mundial, lanzando al estrellato a jugadores como Éric Cantona, Laurent Blanc, Basile Boli, Alain Goma, Djibril Cissé, Philippe Mexès, William Prunier o Teemu Tainio.
[11] Sin embargo, el equipo no consiguió remontar en la clasificación general y, finalmente Roux presentó la dimisión en el descanso de su cuarto partido, contra el RC Estrasburgo, que a la postre acabó en una derrota por 2-1.