Actualmente está libre tras dejar el AJ Auxerre de la Ligue 2.
Comenzó su carrera como entrenador haciéndose cargo de los jóvenes del FC Sochaux en 1996.
En 2004, Gillot regresó a su antiguo equipo, el RC Lens, para ser ayudante de Joël Muller.
[4] Finalmente, el Sochaux obtuvo la permanencia aquella temporada y la siguiente.
[9] En la temporada 2013-14, el Girondins comenzó con mal pie al ser eliminado en la fase de grupos de la UEFA Europa League y estar en la parte baja de la Liga francesa tras las primeras 10 jornadas, aunque posteriormente remontó el vuelo y terminó la primera vuelta en 4.º puesto.