Su consolidación como titular se produjo en el segundo semestre de 2013, gracias a sus destacadas actuaciones tanto en el torneo local como en la Copa Sudamericana 2013.
[7] Con este fichaje, se convirtió en el primer futbolista paraguayo en integrar las filas del histórico club italiano, marcando un hito en el fútbol de Paraguay..[8] Previo a su traspaso, Boca Juniors había mostrado interés en contratarlo, pero el presidente de Lanús, Nicolás Russo, rechazó la oferta debido a desacuerdos previos entre ambas instituciones.
El partido fue intenso, con remontadas y expulsiones, destacando el doblete de José Callejón para el equipo local.
El partido finalizó 1-1 tras el tiempo reglamentario y el alargue, definiéndose en una tanda de penales que culminó 4-3 a favor del equipo rossonero.
Sin embargo, su representante, Augusto Paraja, desmintió los rumores y confirmó que Gómez permanecería en el equipo italiano.
Ingresó al minuto 10' como sustituto de Leonardo Bonucci, quien se retiró debido a una lesión.
De los 10 partidos disputados por el Milan en esa temporada del torneo, Gómez solo participó en ese encuentro y no fue convocado como suplente en los demás.
Su incorporación al club fue bajo la dirección de Luis Felipe Scolari, quien era el entrenador del Verdão en ese momento.
[15][16] En 2020, Gómez fue reconocido por los aficionados del club, quienes lo eligieron como el mejor jugador de Palmeiras del año, obteniendo el 85 % de los votos en una encuesta realizada por Gazeta Esportiva, superando a otros jugadores como Gabriel Menino y Luiz Adriano.
Este título marcó un hito, ya que se convirtió en el primer paraguayo en ganar la Copa Libertadores como capitán de un equipo extranjero.