Su tío, el nuevo rey Juan III de Suecia, ordenó mantener prisionera a toda la familia.

Gustavo sólo permaneció junto a su familia en Åbo hasta 1575, cuando fue separado de ella por órdenes de Juan III, quien veía en el niño un posible opositor en el trono, pues éste era apoyado por los seguidores del depuesto rey Erico XIV.

Gustavo ya no hablaba sueco y aunque su madre trató de ayudarlo económicamente, nunca más se volvieron a ver.

Finalmente Gustavo llegó a Moscú para el matrimonio con la hija del zar Borís Godunov, la zarevna Ksenia.

En 1605, recuperó brevemente la libertad, pero nuevamente fue hecho prisionero bajo el mandato del impostor Dimitri I.