En septiembre de 1969, Ungo fue elegido Secretario General del MNR, cargo que desempeñó hasta su muerte.
Al fracasar este movimiento, Duarte y Ungo, líderes de la oposición, tuvieron que exiliarse.
Ungo se exilió en Venezuela y Costa Rica durante algunos meses, pero volvió al país a finales de 1972.
Las fuerzas opositoras propusieron a Guillermo Manuel Ungo como su delegado para integrar la Junta Revolucionaria de Gobierno.
La Junta prometió iniciar un proceso democrático y realizar reformas sociales pero éstas no pudieron realizarse a causa de las divisiones en el interior del nuevo gobierno y a la oposición de los grupos ultraconservadores.