Etiopía, durante los meses previos a la guerra, sostuvo que solo tenía unos pocos cientos de asesores en el país, pero informes independientes indicaron muchas más tropas.Estas tensiones étnicas y políticas han provocado enfrentamientos transfronterizos a lo largo de los años.El artículo decía que eran tropas del Gobierno Federal de Transición, y no etíopes, quienes habían venido a la ciudad.[13] Otro funcionario dijo que las tropas etíopes habían bombardeado la ciudad de Bandiradley.El viceministro de Defensa del TFG, Salat Ali Jelle, confirmó los enfrentamientos pero negó que hubiera tropas etíopes involucradas.El gobierno etíope negó las repetidas afirmaciones de que sus tropas estaban luchando junto a la milicia TFG.Estalló un intenso tiroteo entre las tropas del TFG y los islamistas a 25 km (16 millas) al sureste de Baidoa.Estados Unidos, Gran Bretaña, Francia y Rusia se opusieron a la declaración, diciendo que las conversaciones de paz y el acuerdo eran necesarios antes de que las tropas pudieran retirarse.[21] El 29 de diciembre, el TFG y las tropas etíopes entraron en Mogadiscio sin oposición.[1] Al Shabaab rechazó cualquier acuerdo de paz y siguió tomando territorios, incluido Baidoa.Los milicianos del clan Hawiye aliados con los islamistas se enfrentaron con el Gobierno Federal de Transición y las tropas etíopes.Etiopía tenía una gran base militar allí para asegurar la carretera que unía a los dos países.Las Naciones Unidas dijeron que fue la peor crisis humanitaria de la historia en África.Esto marcó un cambio en su estrategia que anteriormente se centraba principalmente en la capital Mogadiscio.[42] Se abrió un nuevo tribunal islámico en Jowhar, a 90 km de la capital, Mogadiscio.Funcionarios estadounidenses afirmaron que la ciudad estaba en manos de extremistas islámicos, pero dieron pocos detalles a la prensa.Mató al líder de Al-Shabaab Aden Hashi Eyrow junto con otro alto comandante y varios civiles; sin embargo, el ataque no hizo nada para frenar a la Insurgencia.[52] Al-Shabaab capturó Baidoa, donde se encontraba el parlamento del TFG, el 26 de enero.Tras el colapso del TFG, el grupo islamista moderado pro-TFG Ahlu Sunnah continuó luchando contra Al-Shabaab y capturó algunas ciudades.Al-Shabaab y otros islamistas radicales comenzaron a disparar contra el nuevo presidente del GFT horas después.[56] Las milicias pro-TFG supuestamente estaban siendo entrenadas por Etiopía, mientras que el recién formado Partido Islamista había sido establecido por Sheikh Aweys con base en Eritrea.[63] Los combatientes islamistas en Somalia abrieron un aspecto completamente nuevo en la Guerra Civil Somalí: los ataques suicidas.
Mapa de los avances etíopes iniciales en diciembre de 2006.
Situación en Somalia en diciembre de 2007.
Situación en Somalia en agosto de 2008.
Situación en Somalia en febrero de 2009, tras la retirada de Etiopía.
