Algunos de los elementos más radicales, incluido al-Shabaab, se reagruparon para continuar con su insurgencia contra el GFT y oponerse a la presencia militar etíope en Somalia.

Al-Shabaab y otros islamistas radicales comenzaron a disparar contra el nuevo presidente del TFG horas después.

El líder de al-Shabaab, el jeque Mukhtar Robow (Abu Mansur), se reunió con Sharif Ahmed para mantener conversaciones de paz durante su visita a Mogadiscio, mientras que Omar Iman rechazó al presidente.

Al mismo tiempo que estallaban los combates en Mogadiscio, las fuerzas de Al-Shabaab tomaron la ciudad de Hudor, al noroeste, en combates que mataron a otras 20 personas: 10 soldados del TFG, 6 insurgentes y 4 civiles.

[44]​ El conflicto armado entre Hizbul Islam y al-Shabaab comenzó debido a una disputa entre la facción de las Brigadas Ras Kamboni liderada por Sheikh Ahmed "Madoobe" y al-Shabaab, por un acuerdo de poder compartido en Kisimayo.

[58]​ Towards the end of February, disturbances moved into Mogadishu again in the form of one suicide attack and heavy shelling as al-Shabaab fighters attempted to re-take lost territory.

This push resulted in the deaths of at least 47 people, rebels displayed one wounded and five dead Burundian AMISOM soldiers.

[57]​ It was also reported by this time that up to 53 AMISOM may have died in the clashes, which included 43 Burundian and 10 Ugandans.

También se informó en ese momento que hasta 53 miembros de la AMISOM podrían haber muerto en los enfrentamientos, incluidos 43 burundianos y 10 ugandeses.

Los observadores han sugerido que la retirada puede haber sido causada en parte por divisiones ideológicas internas en la organización rebelde.

[71]​ Al día siguiente, las tropas somalíes contraatacaron y recuperaron la ciudad después de que los militantes huyeran en los vehículos técnicos capturados.

Los analistas políticos también sugirieron que la muerte del comandante insurgente probablemente conducirá a la fragmentación y eventual disolución de Al-Shabaab.

No se sabe cuántos al Shabaab murieron o resultaron heridos en esa operación.

Al menos 15 personas han muerto en el ataque, entre 10 peatones civiles y dos miembros del parlamento cerca de la puerta.

Un portavoz del Pentágono dijo que el ejército estadounidense "realizó un ataque de autodefensa para neutralizar la amenaza y al hacerlo mató a nueve combatientes enemigos".

El capitán Jeff Davis dijo que la misión "resultó en la muerte de tres agentes de Shabaab, incluido Moalin Osman Abdi Badil", el grupo regresó rápidamente al avión que lo había llevado al área y fue expulsado.

UU. llevó a cabo un ataque aéreo dirigido contra un comandante regional de al-Shabaab en Banadir.

[130]​ El 25 de septiembre, al menos ocho personas murieron y otras seis resultaron heridas en un atentado suicida en Mogadiscio.

En respuesta al ataque terrorista, el presidente Hassan Sheikh Mohamud declaró la "guerra total" contra al-Shabaab.

[148]​[149]​ El mandato de la AMISOM se ha prorrogado cada período que ha estado sujeto a revisión.

[160]​ El Reino Unido también participa en la lucha contra los terroristas islamistas en Somalia; desde 2009, miembros del Servicio Aéreo Especial y el Regimiento Especial de Reconocimiento se han desplegado en Camp Lemonnier para llevar a cabo operaciones antiterroristas contra terroristas islamistas en Somalia; han llevado a cabo misiones de vigilancia de británicos que se cree que viajan a Somalia para entrenamiento terrorista y también están trabajando con sus homólogos estadounidenses observando y "atacando" a los sospechosos de terrorismo locales.

Y un ataque del 10 de marzo que mató a cinco hombres, incluido un niño.

La ciudad está controlada por 300 fuerzas de ASWJ y TFG, pero también alberga varias bases militares etíopes.

Las fuerzas etíopes habían pedido a los combatientes de ASWJ en el distrito que depusieran las armas.

El portavoz dijo que las tropas de AMISOM tomarán las áreas donde las fuerzas etíopes se encuentran en este momento.

[198]​ En noviembre de 2013, el gobierno etíope anunció que integraría sus tropas desplegadas en Somalia en la fuerza multinacional AMISOM.

Esta acusación encendió una renovada controversia sobre las incursiones etíopes no autorizadas en Somalia para luchar contra Al-Shabaab.

Las autoridades de Etiopía, Kenia y Somalia han iniciado una investigación conjunta del accidente.

[212]​ Al-Shabaab se había atribuido previamente la responsabilidad de un mortal atentado suicida en Uganda en julio.

[216]​[217]​ Además, seis aeronaves y vehículos terrestres resultaron destruidos o dañados en la pista de aterrizaje.