Durante esta guerra, el jefe veneciano Francesco Morosini, entró en contacto con los rebeldes maniotas con el objetivo de emprender una campaña conjunta en la Morea.
En 1683, una nueva guerra estalló entre Austria y los otomanos, que tenían un gran ejército avanzando hacia Viena.
Morosini fue elegido para mandar la flota, pues tenía un historial distinguido y una gran experiencia en las operaciones en Grecia.
A mediados de junio, la flota veneciana se trasladó desde el Adriático hacia las Islas Jónicas.
Después de haber asegurado su patio trasero durante el año anterior, Morosini puso su mirada en el Peloponeso, donde los griegos, especialmente los Maniots, habían comenzado a mostrar signos de rebeldía y se comunicaron con Morosini, prometiendo levantarse en su ayuda.
El ejército veneciano, reforzado por 3300 sajones y bajo el mando del general Aníbal von Degenfeld, derrotó a una fuerza turca de ca.
Los venecianos luego avanzaron hacia Argos y Nauplia, que eran entonces las ciudades más importantes en el Peloponeso.
Las Noticias de esta gran victoria fueron recibidos en Venecia con alegría y celebración.
El Peloponeso estaba bajo completo control veneciano, y sólo el fuerte de Monemvasia (Malvasia) en el sureste continuó resistiéndose, extendiendo su sitio hasta 1690.
En diciembre, el contingente Hannoveriano partió, y un nuevo brote de la plaga durante el invierno debilitó aún más sus fuerzas.
Así, los venecianos se vieron obligados a retirarse al Peloponeso en abril.
Los venecianos tomaron con ellos varios monumentos arquitectónicos saqueados como el Pireo León, que hoy está en la entrada del Arsenal de Venecia.
Bajo el liderazgo capaz del nuevo gran visir, Köprülü Fazil Mustafa Pasha, los otomanos pasaron a la contraofensiva.
Sin embargo, ya que el esfuerzo principal se dirigió contra Austria, los otomanos no fueron capaces de reunir hombres suficientes para revertir las victorias venecianas.
En 1688, los turcos buscaron la ayuda del infame pirata maniota, Limberakis Gerakaris, a quien mantuvieron en prisión en Constantinopla.
Gerakaris inicialmente trató de persuadir a estos grupos para entrar en servicio otomano, pero sin éxito.
En 1689, dirigió su primera incursión contra Missolonghi, con una fuerza mixta de 2.000 turcos, albaneses y griegos.
Sin embargo, al mismo tiempo, los venecianos tomaron Monemvasia, por tanto, eliminaron el último bastión otomano en la Morea.
Sin embargo, después de renovadas invasiones en el Peloponeso en 1694 y 1695, Gerakaris se acercó al campamento veneciano.
En 1692, una flota veneciana bajo Domenico Mocenigo atacó Creta y puso cerco a su capital Candia, mientras que al mismo tiempo los cristianos de la isla se levantaron contra los otomanos.
Hubo varios enfrentamientos navales entre las flotas contendientes, como en Lesbos en 1690, en Andros en 1696, en Lemnos en julio de 1697 y en Samotracia en 1698, pero fueron generalmente indecisos y no lograron cambiar el equilibrio de fuerzas.
La guerra, sin embargo provocó una crisis demográfica y económica en el Peloponeso.
Aunque los venecianos lograron restaurar cierta prosperidad, la población supuestamente ascendió a unos 250.000 por 1708, probablemente impulsado por la inmigración, no pudieron ganar la confianza de sus súbditos ortodoxos griegos, que estaban acostumbrados a una autonomía relativa y aborrecían la burocracia veneciana.
Los venecianos también pusieron en marcha un gran proyecto de fortificación en toda la Morea, cuyos resultados aún se pueden ver hoy en día.
Sin embargo, la propia Venecia estaba demasiado debilitada para hacer valer efectivamente su autoridad, y en 1715 una rápida campaña Otomana (en lo que a menudo se denomina la segunda guerra de Morea) recupera Morea.