Tras la Batalla de Pidna, Samotracia fue independiente hasta que Vespasiano la anexionó al Imperio Romano en el año 70.
[5] San Teófano murió aquí en el año 818 y el dominio bizantino continuó hasta 1204, cuando los venecianos se apoderaron de la isla, dominándola una familia genovesa, los Gattilusi.
Las costas son bajas y arenosas, pero en el interior las montañas alcanzan los 1611 m s. n. m. en el monte Fengari.
En el año 2012 Samotracia recibió el premio Quality Coast de oro por sus esfuerzos por convertirse en un destino turístico sostenible.
Gracias a este premio Samotracia ha sido seleccionada para figurar en el atlas global del turismo sostenible, DestiNet.