[2]​ Tras la coronación se celebró un sínodo en el que resultaron condenados al destierro los cabecillas de la rebelión, entre ellos Crescencio II, aunque dicha pena fue posteriormente conmutada por intercesión de Gregorio V.

Gregorio V actuó coherentemente como representante del emperador en Roma y otorgó muchos privilegios excepcionales a monasterios del Sacro Imperio Romano Germánico.

Durante el pontificado de su antecesor, Juan XV, se había producido la deposición de Arnulfo como arzobispo de Reims que fue sustituido, con la oposición del papado, por Gerberto, el futuro Silvestre II que contaba con el apoyo del rey francés Hugo Capeto.

La muerte de este, en 996 dejó a Gerberto sin apoyos, ya que su sucesor Roberto II de Francia, que había contraído matrimonio con su tía Bertha y deseaba la dispensa papal para dicha unión, deseaba un acercamiento con el papa.

Esta falta de apoyo provocó que en un concilio celebrado en Pavía, en 997, se restituyera en el arzobispado de Reims a Arnulfo y se condenara como usurpador a Gerberto.