Ingresó al Comité del Partido Socialista pero abandonó el lugar en el 2003 cuando recibió críticas desde su partido cuando se dio a conocer que asumiría la defensa del banquero Jorge Peirano Basso, hoy en prisión por estafa en el Banco Montevideo.
Fernández conoció a Tabaré Vázquez a través de la entonces secretaria general de la comuna montevideana, Azucena Berrutti, y del secretario político del exintendente, Ariel Bergamino.
[1] A su vez, en lugar de Fernández asumió como nuevo canciller el ex subsecretario Pedro Vaz.
A su vez, la fiscalía había pedido la condena por el delito de insolvencia societaria fraudulenta, una figura penal más grave, tipificada en el artículo 5 de la Ley N.º 14 095.
Como consecuencia de lo anterior, al iniciarse diciembre de 2010, y frente a la decisión del Frente Amplio de juzgar su conducta en el Tribunal interno del partido, presentó su renuncia indeclinable al Frente Amplio mediante una carta dirigida al presidente del mismo ingeniero Brovetto.