[5]Ya había entablado amistad con William Laud y mantuvo correspondencia con él sobre asuntos del colegio, política universitaria y sobre la conversión de William Chillingworth al catolicismo romano.
Se convirtió en capellán real gracias a Coventry, y el rey tenía planes de promoción para él, planes que se vieron interrumpidos por las crisis políticas.
[7] Durante este período, junto con Henry Hammond, se convirtió en uno de los eclesiásticos más cercanos al rey y lo acompañó como Secretario del Gabinete en Oxford, luego en Newmarket, Suffolk, y finalmente en la Isla de Wight.
Vivió tranquilamente durante una docena de años en Midlands, en Snelston, Derbyshire, o con amigos en Staffordshire, Nottinghamshire y Glamorgan, donde se alojó con Sir John Aubrey.
Participó activamente en la recaudación de fondos para los clérigos pobres y para Carlos II en el exilio.
Dado que William Juxon era ahora Arzobispo de Canterbury, pero estaba anciano e impedido, Sheldon, en términos prácticos, ejercía muchas de las funciones del arzobispado en el período hasta 1663, y formaba parte del consejo privado.
El Teatro Sheldoniano en Oxford fue construido y dotado a expensas suyas.
[11] Aceptó mucho trabajo puramente secular, actuando como árbitro en peticiones presentadas a través de él y tomando investigaciones que le pasaba el rey, especialmente en relación con la armada.
Sheldon nunca se casó: esto pudo haber inspirado los chismes reportados por Pepys sobre su vida privada inmoral.