En 1640 formó parte del Parlamento, donde al principio tuvo una posición crítica hacia el rey Carlos I, que después fue evolucionando hacia posturas más promonárquicas, oponiéndose a la ejecución del Conde de Strafford y llegando a convertirse en asesor del rey.
Durante la Guerra Civil, Hyde sirvió en el Consejo del rey como Ministro de Hacienda y fue una de las figuras más moderadas en el bando leal a la Corona.
En 1645 el rey lo hizo tutor del Príncipe de Gales, con quien huyó a Jersey en 1646.
Comúnmente se ha pensado que como Lord Canciller, Clarendon fue el autor del Código Clarendon, destinado a preservar la supremacía de la Iglesia de Inglaterra.
Sin embargo, no parece que estuviera completamente involucrado en su redacción y, de hecho, rechazaba gran parte de su contenido y su denominación se debió exclusivamente al hecho de que era el jefe del gobierno en el momento en que se dictó dicho código.