En 1944 hizo su primer viaje a la Serranía del Perijá y publicó una de las etnografías más completas sobre los Motilones (Yuko).

Los años en Santa Marta permitieron avanzar con las investigaciones arqueológicas en el sitio de Pueblito, donde por primera vez se estableció principalmente una secuencia cultural para dicha área.

Durante los años 1946 a 1948, desarrolló su programa de investigaciones sobre los Kogi, el cual publica en su clásica monografía.

Durante este año regresa a la Sierra Nevada de Santa Marta, pero esta vez su trabajo etnográfico se concentra en los indígenas Ijka del sur.

Entre 1953 y 1960, Reichel-Dolmatoff entró a ser miembro del recién creado Instituto Colombiano de Antropología.

Esta asociación institucional facilitó que él y su familia se radicaran en la ciudad de Cartagena.

En 1955 el trabajo es ampliado al Golfo de Morrosquillo y a la cuenca del río Sinú.

Dicha periodización fue seguida en posteriores investigaciones como las desarrolladas en la Sabana de Bogotá por Gonzalo Correal Urrego (en) y Thomas van der Hammen en la región del Magdalena Medio.

En 1957, los Reichel exploran las cabeceras del río Sinú, donde colectan información etnográfica de los indígenas Embera.

En 1960, Reichel-Dolmatoff y Alicia comienzan a explorar arqueológicamente la costa Pacífica, desde el límite fronterizo con Panamá hasta Ecuador en un proyecto que dura tres años.

Como Jefe del Departamento (1963-1969), produce la primera síntesis de arqueología colombiana en inglés, "Colombia: Ancient Peoples and Places", libro que se convirtió en un clásico internacional y obra de consulta obligatoria en la arqueología americana.

Publica otra obra de gran reconocimiento internacional, que nunca fue traducida al español (San Agustín: A Culture of Colombia, Praeger, 1972).

Crea las bases del conocimiento de los grupos indígenas que habitaban el territorio colombiano.

Su constante viajar e investigación sistemática lo llevó a ser un pionero del conocimiento básico que tenemos de la arqueología y etnografía colombiana.

En el campo de la arqueología, sus investigaciones lograron definir por primera vez en suelo colombiano la Etapa Formativa, lo que permitió correlacionar la arqueología del país con los desarrollos contemporáneos en los grandes centros prehistóricos de Mesoamérica y los Andes Centrales.

La enorme contribución a la antropología y arqueología mundial hecha por Gerardo Reichel-Dolmatoff es reconocida al recibir en 1975 la medalla Thomas H. Huxley, del Royal Anthropological Institute de Gran Bretaña e Irlanda.

Sin duda su enorme producción se encuentra publicada en inglés y está a la espera de ser conocida en Hispanoamérica.

Esta crítica hizo que sus últimos años fueran amargos al encontrar muy pocos discípulos, colegas, o interlocutores válidos con quien discutir seriamente diversos temas antropológicos y arqueológicos.

Pero la humanidad es una sola; la inteligencia humana es un don tan precioso que no se le puede despreciar en ninguna parte del mundo y el país está en mora de reconocer la gran capacidad intelectual de los indígenas y sus grandes logros gracias a sus sistemas cognoscitivos, los cuales no pierden validez por el mero hecho de no ajustarse a la lógica del pensamiento occidental.

Espero que mis conceptualizaciones y trabajos hayan tenido cierta influencia más allá del círculo antropológico.

Yo creo que el país debe realzar la herencia indígena y garantizar plenamente la supervivencia de los actuales grupos étnicos.

Charles De Gaulle posteriormente condecoró a Gerardo Reichel con la Orden Nacional del Mérito por su valiosa colaboración en la lucha antinazi.