En octubre los namaquas también se levantaron en armas contra los alemanes y fueron tratados de manera similar.
En ese año, Theodor Leutwein se convirtió en gobernador del territorio, con lo cual comenzó un período de rápido desarrollo para la colonia, mientras que Alemania envió a las Schutztruppe, tropas coloniales o imperiales, para dominar la región.
Los colonos europeos fueron alentados a asentarse en tierras de los nativos, lo que causó un gran descontento.
[5] El acabar esta línea hubiera vuelto las tierras interiores mucho más accesibles, y habría iniciado una nueva ola de colonización europea en la zona.
Para corregir este problema cada vez mayor, el gobernador Leutwein decretó con buenas intenciones que todas las deudas no pagadas en el año en curso serían anuladas.
Esto promovió el surgimiento de un enorme resentimiento hacia los alemanes por parte del pueblo herero, sentimiento que se tornó en desesperación cuando vieron que los funcionarios alemanes eran cómplices de esta práctica.
[6] Por lo tanto, los herero consideraron que sus acciones estaban justificadas cuando se rebelaron a principios de 1904.
Leutwein se vio entonces obligado a pedir refuerzos y que le remitan un experimentado funcionario de la capital alemana, Berlín.
[11] Von Trotha, no obstante, rechazó la idea de una negociación y ordenó a sus tropas aplastar la resistencia nativa con toda la violencia necesaria.
El 2 de octubre, Trotha hizo un llamamiento a los hereros: Al no lograr una victoria total por medio de la batalla, von Trotha ordenó que los hombres herero fueran capturados para ser ejecutados inmediatamente, mientras que las mujeres y los niños debían a ser expulsados al desierto para que muriesen allí, y si intentaban volver a la zona fértil controlada por los alemanes deberían ser asesinados a tiros; asimismo, los pozos de agua situados en las zonas de población herero y namaqua fueron envenenados para exterminar también a los nativos que se refugiasen allí.
Leutwein se quejó ante el canciller von Bülow sobre las acciones del general von Trotha, viendo que estas solo impedían que se continuara con la colonización y la actividad económica colonial.
Al no tener real autoridad sobre Trotha, el canciller sólo podía acudir al emperador Guillermo II argumentando que las acciones de Von Trotha eran "contrarias a los principios humanitarios y cristianos, económicamente devastadoras y perjudiciales para la reputación internacional de Alemania ".
El Imperio Alemán defendió inicialmente sus acciones ante el mundo argumentando que el pueblo herero no podía ser protegido en virtud de los Tratados de Ginebra, ya que según el gobierno alemán los hereros no podrían ser clasificados como humanos sino como sub-humanos.
[15] El escándalo internacional crecía, pues numerosos colonos llegados de la colonia británica de El Cabo trabajaban en el África del Sudoeste Alemana e inevitablemente eran testigos del tratamiento brutal dado a los hereros, su esclavización, y asesinatos masivos.