Ello genera protestas del Comendador mayor por abusos que se estaban cometiendo contra los derechos de la Orden.

Según Torres Tapia en este verano la hueste de la Orden acompañó al rey en una entrada por Jerez, Arcos y Lebrija.

Esta última parece ser cierta, pues se fundamenta en una alusión documental.

Pero mientras tanto los templarios habían recurrido directamente a Roma, ordenando el papa Alejandro IV que comparecieran ambas partes ante la corte pontificia, debiendo comparecer en fecha previa ante los Jueces Apostólicos.

No lo pudo hacer el maestre por encontrarse en Orihuela, por lo que envió como apoderado al comendador Frey Martín García.

También mostró su capacidad política el maestre García Fernández al alcanzar una concordia con el obispo de Badajoz, Don Pedro, y su Cabildo.

Parece ser que esta concordia se realizó en la corte influyendo en ello el rey Alfonso X, quien la ratifica pocos días después en Burgos.

Asimismo se dirigió el maestre Don García Fernández a Roma para solicitar del Papa Inocencio III el reconocimiento de los privilegios que, como instituto dependiente del Cister, correspondían a la Orden de Alcántara, como el no pagar el diezmo, lo que fue confirmado por la bula Sed quod dolentes referimus dada en Agnania en noviembre.

En diciembre otorgó otra bula, por la cual, por pertenecer al Císter no eran obligados a pagar la procuración (derecho que cobraban los jerarcas de la Iglesia, o sus enviados cuando eran hospedados en lugares de la Orden).

También se produjo otro convenio con Gonzalo Yáñez de Novoa, al parecer hermano del anterior maestre Pedro Yáñez, que había ocupado ciertos bienes a la Orden en Galicia, devolviéndolos en el convenio.