Allí su esposa murió en 1848, cuando su hijo menor tenía nueve días de edad.
Su segundo hijo Alonzo participó en la guerra de Secesión, se graduó en Harvard en 1870 y se mudó luego a California en 1871 para vivir con su padre, quien entonces dirigía un hotel conocido como Clark's Station (después, "Hotel Wawona").
Alonzo murió en 1873 y fue luego enterrado en el cementerio de Mariposa.
Elvira, su hija mayor, llegó a California en 1870 y se casó con el Dr. Lee.
Solon, su hijo más joven y que fue el hijo que tenía 9 días de edad cuando murió la esposa de Clark, se ahogó, cuando tenía 9 años.
La calle de Wawona ofrecía entre otras cosas una vista panorámica en Inspiration Point.
Desde ese lugar exploró los bosques circundantes y de esa manera descubrió el bosque de secuoyas gigantes llamado "Mariposa Grove of Big Trees".