El Cabildo eclesiástico nombró provisor del obispado al deán Domingo Rodríguez Armas hasta tanto se designara a un nuevo titular de la sede vacante.En abril de 1704 el rey Felipe V de España propuso al fraile agustino Juan Bautista Sicardo pero su candidatura no se sostuvo.[2] Finalmente se lo destinó para el obispado del Cuzco en 1716.Confirmando la acusación, su sobrino tuvo un violento enfrentamiento con el cura de Choca, Fernando Fadrique Gutiérrez de Toledo, quien a resultas de la pelea fue excomulgado por el obispo Arregui.Esto causó gran escándalo en la ciudad que ahora "con que ambos estados, eclesiástico y secular, gobernaron los dos sobrinos del obispo".
