En 1687 fue nombrado secretario de las Cartas Apostólicas, cargo en el que permanecería trece años.

A pesar de ser el cardenal más votado, por tres veces rechazó la elección, hasta que por fin la aceptó.

La resistencia de muchos eclesiásticos franceses y la negación del parlamento francés a registrar la bula llevaron a controversias que se extendieron por la mayor parte del siglo XVIII.

Allí trabajaban sin distinción portugueses, franceses, belgas, alemanes, españoles, etc. Al ser ellos los que lograron entrar en estos territorios, pensaron reservarse para sí la evangelización de los territorios, esto para llevar la línea que ellos introdujeron.

Este no era un acto religioso en sentido propio sino un acto civil que los pobladores daban a este personaje al igual que a sus antepasados porque sus enseñanzas y su filosofía les recordaba valores muy importantes para su sociedad, como el valor de la familia.

El problema para la mentalidad occidental era que se le dedicaban templos o monumentos a este personaje y se utilizaban señales externas como postraciones, incienso, candelas, oblaciones comestibles, propias de la cultura.

Sin embargo en todos estos ritos o signos externos no pedían ni esperaban nada del personaje venerado.

Por otra parte, en la India ya se llevaba un proceso similar: se habían tolerado ritos como el “cordón” de tres o cinco hilos, que solían llevar pendiente los individuos de casta.

Los mismos jesuitas de su tiempo eran unánimes en rechazar como supersticiosas e inadmisibles las prácticas budistas y taoístas.

Además de trabajar duramente con los letrados para hacerles comprender algunos errores a la luz del evangelio.

Estos nuevos misioneros ya estaban prejuiciados desfavorablemente hacia el método de los jesuitas.

Y tras cinco meses de deliberación del Santo Oficio, Alejandro VII sacó un segundo decreto permitiendo los ritos condenados.

Además a los jesuitas se les permitía obrar según su conciencia, un arma de doble filo que dejaba abiertas las posibilidades.

La polémica siguió y el dominico Domingo María Navarrete negoció someter a su orden al proceder de los jesuitas.

Sin embargo, más tarde se arrepintió e impugnó nuevamente ante Roma pero no logró conseguir nada.

La decisión de Roma y la reacción del emperador desconcertaron a los misioneros.

Roma contestó publicando otro decreto que daba poder al legado y pedía sumisión a los misioneros, bajo pena de excomunión y prohibía cualquier otra publicación acerca de los ritos.

Clemente XI, ante la desobediencia, ordenó aceptar el mandato sobre los ritos, esto bajo gravísimas penas.

Venía en camino otro legado para arreglar la situación, él sabía que si seguía la condenación, poco podría hacer.

Así que, dio las famosas Permissiones de Mezzabarba, favorables a los jesuitas.

Más adelante, otro papa, Benedicto XIV, siguió el eco de Roma y, retomando los documentos anteriores, hizo uno nuevo que condenaba a los jesuitas de desobedientes y les pedía obediencia.

Ellos aceptaron pero no por mucho tiempo, ya que la persecución contra ellos en Europa se había hecho general.

Para terminar, el mismo Clemente XIV, en 1773, suprimió definitivamente la Compañía de Jesús.

La constitución pastoral Gaudium et Spes se refiere a la Iglesia como “Pueblo de Dios”.