Aunque también estudió con otros maestros como Sokon Matsumura, Kiyuna o Toonno, entre otros, pues era frecuente que los maestros de Okinawa intercambiaran a sus alumnos por cortos periodos, para mejorar su formación marcial.

En su infancia, Funakoshi sufrió debido al despilfarro de su padre del restante de la fortuna familiar en bebida, y a los apresurados cambios sociales y económicos ocurridos al final del siglo XIX y principios del XX; cambios debidos a la Restauración Meiji.

Finalmente, cortó su cabello y se convirtió en maestro asistente de escuela primaria durante los siguientes 30 años, lo cual avergonzó a su familia en Okinawa.

En 1891 la prohibición de las artes marciales en Okinawa fue retirada, por lo que el karate se convirtió en una actividad cultural marcial enseñada en las escuelas públicas, Promocionada por el auge del militarismo en Japón, que se proponía conquistar a China y Corea.

En Japón, Funakoshi fue recibido de manera especial por el respetado fundador del arte marcial japonés (basado en la lucha cuerpo a cuerpo, y hoy día deporte olímpico) del judo, el educador, traductor y diplomático Jigoro Kano.

Ya en 1922 en Japón, Funakoshi se hospedó en el dormitorio universitario de estudiantes en Suidobata, Tokio.

El maestro Funakoshi preguntó si sería posible utilizar la sala de entrenamiento para practicar Ryukyu Kempo To-Te Jutsu.

Un año más tarde aparecen otros tres clubes en las universidades de Waseda, Takoshoku y Shodai.

Posteriormente abrió su dojo Shotokan en Mejiro, donde se formaron un gran número de notables estudiantes como Shigeru Egami, Masatoshi Nakayama, Hironori Otsuka, Hidetaka Nishiyama, Yoshitaka Funakoshi, Tomasaburo Okano, Masutatsu Oyama, Taiji Kase y Hirokazu Kanazawa, entre otros.

Estos alumnos fueron los que más adelante, durante los años 50, 60 y 70 dieron a conocer el Karate a nivel mundial, inicialmente en los Estados Unidos de América y en Europa (Francia).

En 1945 muere su tercer y único hijo sobreviviente a las guerras hasta la fecha, el también maestro Yoshitaka, por tuberculosis, pues la estreptomicinia no estaba disponible en Japón debido al bloqueo comercial impuesto por los Estados Unidos tras la Segunda Guerra Mundial (1939-1945).

Aquello fue un duro golpe para el maestro, pues Yoshitaka era su ayudante y en quien había depositado toda su confianza para que fuera su sucesor.

También en ese año quedó destruido el Dojo Shotokan durante un bombardeo por las tropas de Estados Unidos.

Finalizada la Segunda Guerra Mundial (1939 - 1945), Funakoshi decide volver y reconstruir el Dojo Shotokan con aquellos alumnos que no habían muerto en los combates contra Estados Unidos y los países aliados.

Pero surge un inconveniente, ya que los Estados Unidos tenían a Japón bajo ocupación: las artes marciales son prohibidas por un período de tres años, junto con toda instrucción de carácter militar o bélica.

El shotokai busca preservar al Karate-Do como un arte marcial no competitivo, y solo practica los 15 katas originales dados por el maestro Gichin Funakoshi, incluyendo varios de los cambios hechos por su hijo Yoshitaka ("Waka Sensei") pero excluyendo varias modificaciones incluidas posteriormente por algunos de sus alumnos.

El Shotokan se distingue de los estilos nativos de Okinawa por ser un karate diferente, un karate más "japonés" enfatizando la distancia larga, adaptando varios conceptos tácticos y técnicos del budo japonés como: kime, kiai, metsuke, Ma-ai, Ashi waza, kokyu, tai-sabaki, kuzushi, nage, kansetsu, omote-ura, nagashi, ukemi, kyo, wa, sen no sen, sen, go no sen, Otoshi, y otros.

Un monumento en su memoria se ubica en la actualidad en el Monasterio Zen de Engaku-ji en Kamakura.

Gichin Funakoshi unificó las enseñanzas de sus dos maestros formando lo que sería un estilo único, más "japonés", para ayudar a difundir el karate en las islas principales del Japón y con la ayuda de las instituciones oficiales.

Este le enseñó la raíz más cercana a las técnicas del kung-fu, de origen chino; y la táctica corporal (desplazamientos) de la esgrima clásica japonesa o kenjutsu (estilo Jigen Ryu) y su aplicación al combate sin armas.

Como ejemplos de este aprendizaje se preservan los pasos semicirculares (en media luna) en los katas del karate estilo shotokan, el movimiento corporal del torso al defender y al atacar, y el movimiento corporal general o 'tai sabaki'.

Del maestro Itosu aprendió el arte del te / tuite/ to-de/ Shuri Te que hoy en día se conoce como el kárate estilo Shorin Ryu, basado en el estilo de boxeo chino de "la grulla que se alimenta", y la práctica del 'ikken ikkatsu' o golpe único.

Las enseñanzas de estos maestros después evolucionaron hasta lo que hoy en día se conoce como el kárate lineal tradicional, que poseía matices propias como las defensas en ángulo y los golpes penetrantes con torque / torsión mecánica.

Mucho después, en los años 30 y 40 las artes marciales modernas del sable japonés o kendo y Iaidō practicadas por su hijo Yoshitaka (Gigo) Funakoshi trajeron el énfasis en el uso de la distancia larga, convirtiendo al kárate Shotokan en un método de esgrima corporal, con una notada influencia del arte de la espada japonés o Kendo, incluyendo asimismo varias técnicas del Judo.

Cabe notar la gran diferencia entre el kárate practicado por Gichin Funakoshi y los cambios en su difusión introducidos por Yoshitaka su hijo, comparándolo con los otros estilos de kárate provenientes de los otros maestros de la época, más cercanos a lo que el propio Gichin había aprendido y aún practicaba (con posiciones más altas enfatizando el combate a corta y media distancia).

[7]​ El nombre de Shotokan se debe al nombre literario o seudónimo de Gichin Funakoshi: Shoto, que significa "pinos", y Kan, "casa", "Salón" o "estancia" (la palabra inglesa "hall" es más cercana al sentido original japonés).

Sus alumnos usaron este nombre en la entrada del dojo en que Funakoshi entrenaba, pudiéndose leer "Shoto Kan".

Incluso uno de sus alumnos más famosos, Masutatsu Oyama o Mass Oyama (creador del kárate a pleno contacto o estilo kyokushinkai), afirmó que, a pesar de haber practicado lucha olímpica y boxeo occidentales además de judo, fue el maestro Funakoshi quien lo enderezó moralmente, mostrándole la diferencia entre ser un peleador (quien pelea por su ego o por dinero) y llegar a ser un guerrero virtuoso o del budo.

En japonés, inglés y español "Karate Jutsu" Las enseñanzas originales del Gran Maestro Funakoshi.