En 2003 se efectuó una reorganización de la Fuerza Aérea Guatemalteca en tres comandos aéreos regionales:[2]​ También opera desde las base militares en Puerto San José y Puerto Barrios en apoyo a las fuerzas especiales del ejército: Conducir operaciones aéreas para mantener y garantizar la soberanía del espacio aéreo de Guatemala, realizar la batalla aérea y disuadir, así como apoyar a las unidades militares de superficie, con el propósito de neutralizar cualquier amenaza contra los objetivos nacionales.

Para el año 1925 se recibe el donativo por parte del gobierno mexicano de un avión Avro Anahuac, y ese mismo año se registra por primera vez la utilización de la rondela que identifica a la aviación militar nacional.

En 1929 la compañía Pan American World Airlines, inicia operaciones en Guatemala con aviones trimotores Ford, los cuales estacionaba frente al Hangar 1 por no contar con un local propio.

Dentro de las cosas importantes acaecidas ese mismo año, cabe mencionar la llegada del teniente coronel Óscar Morales López en el avión Ryan Waco Taperwing modelo T-10 bautizado "El Quetzal" procedente de Galveston, Texas.

Hacia 1935 se compraron 6 aviones Caudron C-601 "Aiglon" de origen francés destinados para entrenamiento.

En esta etapa se estableció una Base Aérea Norteamericana en "La Aurora", construyéndose en el extremo sur hangares, barracas y refugios.

(USAF) Merle S. Else y cuatro mecánicos para asesorar los aspectos técnicos del mantenimiento.

Por contraste, octubre de 1951 resulta luctuoso, en una carrera tan arriesgada como la aviación, los accidentes son muchas veces inevitables, y aquí hubo de lamentarse la más grande tragedia aérea ocurrida hasta la fecha en este Comando, un avión C-47 se estrella en Petén, 27 personas perdieron la vida, eran ellos en su mayoría distinguidos artistas y algunos elementos militares, que participaban en el programa de proyección denominado "La Hora Cultural del Ejército".

Bajo este programa llegaron en mayo de ese año 2 aviones C-47 y otros dos en diciembre.

En 982 se agregaron los aviones Fokker Friendship F-27 para transporte de pasajeros y carga.

Así mismo algunos aviones Beechcraft Super King Air 300 y 200 (transporte ejecutivo) forman parte de este inventario, junto a helicópteros Sikorsky S-76A.

Una a una estas aeronaves han ido reemplazando los viejos aviones de mitad de siglo, sin embargo, merece especial atención al hecho que al siempre noble avión de transporte Douglas DC-3/C-47 le ha tocado vivir un momento muy especial porque atendiendo a la importancia que como aerotransporte tiene y tras largos años en tierra, se han enviado algunos de ellos para su repotenciación y reacondicionamiento en la Compañía Basler Turbo Conversions Inc.

En 1978 se reorganiza la Escuela Militar de Aviación para Pilotos Aviadores Militares.

Danilo Eugenio Henry Sánchez" en Santa Elena, Petén, y en 1989 se crea la Base Aérea del Sur "Cnel.

Esto incluye transporte de víveres, pertrechos, medicinas, rescate y evacuación médica, involucrándose también en la guerra internacional contra el narcotráfico.

Quizás por el desconocimiento de tan múltiples actividades, no se ha podido evaluar en su justa dimensión la labor de acción cívica que promueve, como parte del programa general que desde hace muchos años viene impulsando exitosamente el Ejército.

La interrogante que brota en nuestra mente, sin olvidar la labor del pasado y la convicción de tener una cobertura futura en la misma extensión, es: Si la Fuerza Aérea no hubiera volcado toda esa ayuda en beneficio de nuestros connacionales que habitan en los lugares más recónditos e incomunicados de Guatemala, ¿qué otra institución lo hubiese hecho?.

Sinceramente, se estima que las perdidas humanas y materiales hubieran registrado porcentajes más elevados.

Los aviones destacados anteriores operados consistieron en el P-51D Mustang, Douglas B-26, C-47, Lockheed T-33, Fouga CM.170 Magister y más recientemente el helicóptero S-76 Spirit[15]​[16]​ [17]​