El procesamiento de la Fru-2,6-P2 se produce por una defosforilación catalizada por la FBPasa-2, generando así fructosa-6-fosfato y Pi (fósforo inorgánico).
A concentraciones fisiológicas, la PFK-1 es prácticamente inactiva, pero al interactuar con la Fru-2,6-P2 adquiere una conformación activa que le permite estimular la glucólisis y así potenciar la degradación de glucosa.
[2] Por otro lado, la Fru-2,6-P2 inhibe también alostéricamente a la FBPasa-1, lo que tiene dos consecuencias inmediatas: la ruta de la gluconeogénesis se ve inhibida y a su vez, la de la glucólisis se ve potenciada.
Esta regulación es llevada a cabo principalmente por dos hormonas, la insulina y el glucagón, cuyas actividades pueden inducir en esta enzima reacciones de fosforilación/defosforilación.
En el ciclo de Calvin, casi todas las triosas fosfato (≈ 85%) son recicladas para sintetizar ribulosa 1,5-bisfosfato.