Fue nombrado secretario de la sección local en 1917, y se unió al Sinn Féin.Su hermana Nano Aiken organizó Cumann na mBan en Newry instalando una rama local en Camlough mientras trabajaba en la Co-Operative Flax-Scutching.Aiken utilizaba de forma habitual la lengua gaélica, que había aprendido en el Donegal Gaeltacht, en el Ormeath Irish College.A partir de entonces, en conflicto en la zona tomó un cariz cada vez más violento y sectario.[13] Pero el reportaje televisivo de Mathew Lewis en 'Frank Aiken's War' implica que feligreses católicos y protestantes fueron retenidos en un pub para evitar el fuego cruzado.Michael Collins organizó una ofensiva clandestina contra el recién creado estado de Irlanda del Norte.En mayo de 1922, por razones nunca totalmente aclaradas, Aiken y su Cuarta División del norte no habían participado en las operaciones, aunque estaba planeado que lo hicieran.Sin embargo, la inactividad del IRA no puso fin al derramamiento de sangre en Armagh.[19] El IRA se dividió ante la firma del Tratado anglo-irlandés de 1921 y Aiken acabó finalmente alineado con el bando anti-Tratado durante la guerra civil irlandesa a pesar de sus esfuerzos para impedir la división y evitar la guerra civil.Hicieron agujeros en los cuarteles del ejército y tomaron el control de la ciudad sufriendo sólo dos muertos.Durante el resto del conflicto permaneció junta a su unidad, llevando a cabo operaciones de guerrilla contra las fuerzas del Estatado Libre; sin embargoí, Aiken nunca se mostró entusiasta con las luchas internas.En el verano el IRA anti-tratado envió una delegación dirigida por Pa Murray a la Unión Soviética para una reunión personal con Iósif Stalin, con esperanzas de obtener financiación y apoyo militar.Aiken había sido diputado del Dáil Éireann por Louth en 1923 por el Sinn Féin; en junio de 1927 fue reelegidos por la misma circunscripción por Fianna Fáil, y seguiría siendo reelegido en todas las elecciones hasta su retirada de la política cincuenta años después.[28] Aiken se vio en vuelto en una controversia a mediados de 1932 cuando, junto con el vicepresidente del Consejo Ejecutivo Seán T. O'Kelly desafió públicamente al Gobernador General del Estado Libre irlandés, James McNeill, al escenificar una protesta pública en una función en la legación francesa en Dublín.McNeill se sintió ofendido por la respuesta de Valera y, pese a la oposición del gobierno, publicó su correspondencia.Ante esto, de Valera recomendó formalmente a Jorge V el cese del Gobernador.Pese a que la figura de gobernador general del Estado Libre era polémica, los medios e incluso miembros del Partido Laborista en la oposición, contrarios al gobernador, y miembros del propio gabinete de De Valera, criticaron el tratamiento dispensado por Aiken y O'Kelly a McNeill, al que todos consideraban un hombre decente y honorable.[32] Aiken quiso incorporar el IRA al Ejército y les ofreció una amnistía en la primavera de 1940, que fue rechazada por la organización clandestina.Aunque Aiken se mostraba comprensivo con ellos en privado, y visitó a los prisioneros Arbour Hill en Dublín, no pidió clemencia para los condenados.[34] Creyendo que Gran Bretaña perdería la guerra en 1940, se negó a respaldar el plan del funcionario británico sénior Malcolm MacDonald para la unificación de Irlanda a cambio de que el Estado Irlandés contribuyera al esfuerzo británico.En negociaciones diplomáticas Aiken dijo que una Irlanda unida, si era concedida, permanecería neutral para salvaguardar su propia seguridad y las charlas posteriores fueron sólo una 'una mera pérdida de tiempo'.UU., tanto militares como económicos, que Gran Bretaña estaba reteniendo debido a la neutralidad irlandesa.Roosevelt accedió a enviar suministros, pero solo si Gran Bretaña daba su aprobación.Roosevelt también dio 'su garantía personal' de que Gran Bretaña no invadiría Irlanda.Aiken también apoyó el derecho de países como Argelia a la autodeterminación y habló en contra del apartheid en Sudáfrica.Durante la Crisis de las Armas se dice que elTaoiseach, Jack Lynch, consultó varias veces a Aiken sobre diferentes asuntos.Sin embargo, Aiken rechazó todas las peticiones que se le hicieron y el partido finalmente seleccionó a Erskine H. Childers como candidato.En 1966, Aiken se mostró horrorizado ante la candidatura de Charles Haughey, que era un abierto anti-particionista.La animadversión de Aiken hacia Blythe contrasta con la amistad que desarrolló con sus colegas Seán MacEntee (anti-tratado) y Desmond Fitzgerald (pro-tratado) quienes, tras la división, reestablecieron la relación y se aseguraron de que sus hijos no guardaran resentimientos por lo ocurrido en la guerra civil.No obstante, Aiken se negó a reconciliarse con algunos de sus amigos por lo acaecido en la Guerra Civil.