Francisco de Paula nació en 1853 en Toulouse, donde vivía su familia, exiliada por las desavenencias entre su padre, Enrique de Borbón, y su prima y cuñada, la reina Isabel II.

Aunque inicialmente Francisco de Paula luchó en el ejército carlista, pronto se mostró a favor de su primo, Alfonso XII, y se unió al ejército alfonsino en 1875.

En 1891 fue nombrado general de división, y cinco años después fue diputado a Cortes por Barcelona.

Tras la proclamación de la Segunda República Española, Francisco de Paula pudo permanecer en España, y continuó residiendo en Madrid.

No obstante, tras el estallido de la guerra civil española tuvo que buscar asilo en la embajada de Chile en la capital.