Sus primeros estudios los realizó en Aoiz (Navarra) y cursó dos años del bachillerato elemental en la Escuela Apostólica de Javier.

En 1928, huérfano de padre y madre, se trasladó a Sangüesa con su abuela materna.

Entre sus discípulos estuvieron Manuel Alvar, Fernando Lázaro Carreter, José María Aguirre, Domingo Ynduráin Muñoz, José Carlos Mainer, Santos Sanz Villanueva, Gállego Borque... Enseñó también en los cursos de verano de Santander, Zaragoza y Pamplona.

Realizó estudios sobre escritores aragoneses para la Institución Fernando el Católico junto a otros maestros como José Manuel Blecua e Ildefonso Manuel Gil sobre Galdós, Valle-Inclán, Jorge Guillén, el mismo Ildefonso o Miguel Labordeta y sobre literatura moderna norteamericana e inglesa.

En su honor se ha instituido el Premio Francisco Ynduráin de las letras para escritores jóvenes que organiza Bilaketa desde 1987.