[2]​ Fue el cuarto hijo, único varón, de Jorge de Waldburg-Zeil-Hohenems IV conde de Waldburg-Zeil-Hohenems y de su primera esposa la archiduquesa Isabel Francisca de Austria-Toscana,[3]​ nieta del emperador Francisco José I de Austria por quien le pusieron su nombre, tiene tres hermanas mayores: María Valeria (1913-2011), Clementina (1914-1941) e Isabel (1917-1979); y dos hermanos menores del segundo matrimonio de su padre con la archiduquesa Gertrudis de Austria-Toscana que a la vez era su tia: Sofía (1932) y José (1934).

[2]​ Era miembro de una de las antiguas familias más poderosas del sur de Alemania, su abuelo, Maximiliano Clemente, fue el último conde reinante de Hohenems, cuya soberanía fue cedida a Austria en 1830.

[4]​ En 1954 compró a sus primos el Palacio de Hohenems y el castillo de Glopper en Austria, y junto a su esposa, los restauró,[5]​ este palacio fue su residencia privada y está abierto para eventos artísticos y culturales, conferencias, bodas y visitas guiadas,[6]​ Su empresa se especializa en la construcción con madera de desecho y la restauración de edificios con valor histórico.

[4]​ En 2012 fue nombrado como ciudadano honorario de Kunín, República Checa.

[7]​ Se casó en Pommersfelden el 21 de junio de 1956 con la condesa Priscila de Schönborn-Wiesentheid (Munich, 5 de febrero de 1934 - Hohenems, 31 de mayo de 2019), hija del conde Clemente de Schönborn-Wiesentheid y de la condesa Dorotea de Pappenheim, el matrimonio tuvo siete hijos:[2]​[3]​[8]​ Tras más de 60 años de matrimonio enviudó el 31 de mayo de 2019, se celebró un concurrido funeral por la condesa Priscila al que acudieron diversas personalidades, entre ellas el príncipe Juan Adán II de Liechtenstein.