[1]​ Abiertos de nuevo los centros universitarios, Francisco Javier García Rodrigo se trasladó a la Universidad de Alcalá, donde ocupó el primer puesto en todas las clases.

Posteriormente ingresó en el seminario conciliar de Tortosa, de cuya diócesis era obispo su tío Víctor Damián Sáez, y en el que desempeñaba una cátedra su hermano José, antiguo canónigo y gobernador eclesiástico en aquel momento.

[2]​ Perseguido el obispo de Tortosa como supuesto adicto a la causa del pretendiente Don Carlos durante la primera guerra carlista, su hermano el gobernador eclesiástico y Francisco Javier se refugiaron con él en Sigüenza, donde el obispo tuvo que permanecer escondido en la planta baja de la casa de un amigo, en la que al poco tiempo murió por una enfermedad adquirida en el viaje.

[2]​ Dedicado a la defensa de la fe católica, colaboró en periódicos y revistas como La ciencia cristiana, La lectura católica, El averiguador universal y otras contra la impiedad y lo que consideraba como errores del racionalismo.

Pero su obra más importante fue Verdadera historia de la Inquisición, en tres tomos, publicada en 1877, en la que defendió el Tribunal del Santo Oficio con diversos argumentos, razones y datos históricos.