Nació en Borsi, en la Hungría Real controlada por los Habsburgo y murió en Rodosto, en el Imperio otomano.
Particum Regni Hungariae Dominus & Siculorum Comes, Regni Hungariae Pro Libertate Confoederatorum Statuum necnon Munkacsiensis & Makoviczensis Dux, Perpetuus Comes de Saros; Dominus in Patak, Tokaj, Regécz, Ecsed, Somlyó, Lednicze, Szerencs, Onod.
Helena Zrínyi dirigió con éxito la defensa del castillo durante tres años, pero terminó capitulando en 1689.
Los dos hermanos Rákóczi quedaron de nuevo bajo la custodia del emperador Leopoldo I y fueron trasladados a Viena con su madre.
Con 17 años, el emperador emancipó a Francisco Rákóczi de su madre, permitiéndole dirigir sus propiedades.
La pareja se trasladó al castillo Rákóczi] en Sárospatak, donde Francisco comenzó a administrar sus propiedades.
Los rebeldes tomaron los castillos de Tokaj, Sárospatak y Sátoraljaújhely, y pidieron a Francisco Rákóczi que se convirtiera en su líder, pero Francisco no estaba dispuesto a liderar lo que parecía una pequeña revuelta campesina.
Francisco trabó amistad con el conde Nicolás Bercsényi, que tenía propiedades en Ungvár, en la actual Ucrania, cerca de las suyas.
Un espía austriaco interceptó la correspondencia de los franceses y la presentó al emperador.
Durante las lecturas preliminares del caso, como había ocurrido con su abuelo Pedro Zrínyi, la única sentencia posible para Francisco era la muerte por traición.
Allí se reunió con Miklós Bercsényi, y juntos reanudaron el contacto con la corte francesa.
Francisco decidió dedicar todo su esfuerzo a la guerra de liberación nacional y aceptó la petición.
Como los austriacos tuvieron que combatir a Francisco Rákóczi en varios frentes, finalmente decidieron negociar con él.
El apoyo francés se redujo gradualmente, y necesitaba un ejército mayor para conservar la tierra que había conquistado.
Se pensó en una posible alianza con el Imperio Ruso, que no llegó a materializarse.
Se le aseguró clemencia si juraba fidelidad al emperador, así como libertad para trasladarse a Polonia si quería abandonar el Reino de Hungría.
El Príncipe Rákóczi, aunque no reconocido oficialmente por Francia, gozaba de gran favor en la corte francesa.
Fue recibido con honores, pero su deseo de dirigir un ejército cristiano separado para luchar contra los Habsburgo no fue tenido en consideración.
Adoptó una firme rutina: levantarse temprano, asistir a misa diaria, escribir y leer por las mañanas, trabajar como carpintero durante las tardes; en ocasiones era visitado por su hijo Jorge Rákóczi.
Sus órganos internos fueron enterrados en la iglesia griega de Rodosto, mientras que su corazón fue enviado a Francia.
En la década de 1950 las primeras dos palabras (“Cum Deo”) fueron borradas por orden del gobierno comunista y fueron reescritas en 1989.
Fue inaugurada en 1953 junto a un relieve en la base que mostraba el encuentro de Rákóczi y Tomás Esze.
Muchas ciudades húngaras han conmemorado a Rákóczi bautizando calles y plazas con su nombre.
El vecino Rákócziújfalu se convirtió en un pueblo independiente en 1950 (anteriormente había sido parte de Rákóczifalva).
El pueblo vecino de Podpolóc (actualmente Pidpolozzya), donde Rákóczi pasó una noche en 1703, fue rebautizado ese año como Vezérszállás.
La casa en la que Rákóczi vivió en Tekirdag actualmente es un museo, abierto para los visitantes todos los días.
La Marcha Rákóczi sigue siendo una pieza popular en las ceremonias militares y oficiales de Hungría.