Más tarde, en 1555, fue nombrado oidor en la Real Audiencia de Santo Domingo.

Para tal efecto la Audiencia nombró a Blas Cota que era una persona de reconocido prestigio y conocimiento en asuntos legales, para que visitara la provincia, empezara el juicio en contra del conquistador y se hiciera cargo de la gobernación de la región en tanto se seguía tal juicio.

Casi simultáneamente, por decisión del rey Carlos I de España, Yucatán volvió a entrar al ámbito jurisdiccional de la Real Audiencia de México, instancia que a su vez y sin estar enterada de la decisión de los Confines que se dio previamente, decidió iniciar un juicio idéntico, nombrando para el propósito a otro jurista experto y reconocido: Francisco Herera, para que hiciera las mismas tareas para las que habá sido designado Blas Cota.

Moriría tres años después, mientras su hijo y sobrino se quedaron en Yucatán, en donde años más tarde volvieron a tener cargos públicos de responsabilidad.

[1]​ Aunque Herrera tuvo una actitud de condescendencia hacia el Adelantado y sus parientes y en el juicio no determinó acciones que los incriminaran en lo fundamental, sí tomó algunas medidas en contra de los Montejo, sobre todo de carácter pecuniario, como establecer multas y confiscaciones de bienes y propiedades.