En tal función, Blas Cota fue gobernante de la provincia durante el periodo inicial del mencionado juicio.

Para tal efecto la Audiencia nombró a una persona de reconocido prestigio y conocimiento en asuntos legales, para que visitara la provincia, empezara el juicio en contra del conquistador y se hiciera cargo de la gobernación de la región en tanto se seguía tal juicio.

Casi simultáneamente, por decisión del rey Carlos I de España, Yucatán volvió a entrar al ámbito jurisdiccional de la Audiencia de México, instancia que a su vez y sin estar enterada de la decisión de los Confines que se dio previamente, decidió iniciar un juicio idéntico, nombrando para el propósito a otro jurista experto y reconocido: Francisco Herrera, para que hiciera las mismas tareas para las que fue designado Blas Cota.

Mientras tanto se producía en México el nombramiento de Herrera y su envío al territorio yucateco.

Moriría tres años después, mientras su hijo y sobrino se quedaron en Yucatán, en donde años más tarde volvieron a tener cargos públicos de responsabilidad.