También ejerció en el hospital del monasterio de Guadalupe, una función prestigiosa que además estaba bien remunerada.
Volvió a Toledo hacia el año 1565 y pronto fue transferido como médico de la corte.
Dado su coste, Felipe II encargó al médico napolitano, Nardi Antonio Recchi,[4] la publicación de una versión abreviada.
Sucesivos retrasos (el editor murió prematuramente) llevaron a que la obra abreviada no se publicara hasta 1635 y 1651.
Una nueva compilación por el médico Casimiro Gómez Ortega, publicada en 1790 y basada en material adicional encontrado en el Colegio Imperial de los Jesuitas de Madrid, fue titulado Francisci Hernandi, medici atque historici Philippi II, Hispan et Indiar.