Defendió una postura religiosa personal, lo que le valió ser considerado por sus contemporáneos como un hereje.

El territorio contaba con una numerosa población indígena sometida al régimen de la mita, lo que le permitió conocer el trato del aborigen y probablemente formar su percepción de la cuestión indígena que marcaría su vida.

Uno de sus hermanos, Ildefonso Ramos Mejía, siguió teniendo una intensa participación en la vida política.

[9]​ El historiador Adolfo Saldías, en su Historia de la Confederación, plantea que Francisco fue el único estanciero de entonces en comprarle tierras a los indios, permitiéndosele a estos permanecer con sus tolderías en dicho territorio.

Concretada la transacción, por completo inusual para la época, regresó a Buenos Aires en busca de su familia, y emprendió la fundación de la estancia "Miraflores" así denominada en recuerdo a una finca que su suegro, Sebastián Segurola y Oliden, había poseído en el Alto Perú.

Pese a haberles comprado la tierra, Ramos Mejía fomentó la permanencia de los indios en su estancia.

El excedente de lo que producían se vendía en Buenos Aires y su producto les pertenecía.

Por otro lado, aquellos que prefirieron no asentarse tenían garantizado el libre y pacífico tránsito por Miraflores.

[10]​ Ese mismo año se instaló en la laguna Kaquel Huincul, su territorio, un fortín al mando del capitán Ramón Lara.

La estancia Miraflores se convirtió en buena medida en esa verdadera colectividad utópica por la que abogaba y la experiencia era exitosa: aunque los indios tenían libertad de irse en cualquier momento la población afincada en paz aumentaba sin cesar, el robo fue erradicado y la estancia daba ganancias.

Valentín Gómez designó a su vez al cura vicario de Dolores para que investigara sobre el terreno las denuncias.

Este hecho y los rumores, comprobados o no, constituyeron argumentos suficientes para que fuera considerado hereje, por lo que el entonces ministro de gobierno Bernardino Rivadavia[13]​ dictó una resolución donde establecía que se El dominico Francisco de Paula Castañeda, su principal perseguidor, lo acusaba también de haber quemado las imágenes y eliminado el santoral católico.

Cuando las propuestas llegaron a los indios, estos decidieron que Francisco Ramos Mejía actuara como su representante en las negociaciones.

Pero tras la firma del tratado de paz la situación se deterioró rápidamente en todos los aspectos.

Ramos Mejía ya había sido denunciado como hereje y su afinidad con los indios era considerada sospechosa.

Por añadidura, la incursión del líder chileno José Miguel Carrera favoreció nuevos malones de las tribus.

Entre las tropas que salieron en su persecución estaba el coronel Juan Manuel de Rosas, pero no lograron darles alcance ni recuperar cautivos o arreo.

Ante la indignación pública por los malones, el gobernador Martín Rodríguez dispuso una expedición contra los indios que atacaban las poblaciones de la frontera.

No obstante ante la imposibilidad de alcanzar las partidas agresoras, Rodríguez efectuó finalmente su entrada contra tribus pacíficas.

Enviaron luego una embajada manifestando deseos de someterse, para lo que solicitaban un parlamento.

Abiertas las negociaciones, Rodríguez devolvió a los indígenas los prisioneros y sus rebaños, quedando los caciques en presentarse en pocos días.

Al ejecutarse la orden hubo un intento de resistencia pero Ramos Mejía convenció a los indígenas que marcharan pacíficamente, comprometiéndose a dirigirse al fuerte para hablar con el gobernador y resolver la situación.

Al presentarse al día siguiente en el fuerte, Rodríguez le comunicó que no solo los indios no serían liberados sino que él debía abandonar de inmediato su estancia e ir detenido a la capital.

[20]​ Ramos Mejía permaneció recluido en su estancia de Los Tapiales y no volvió jamás a Miraflores.

Tal como sucediera en su estancia del sur, numerosos pampas fueron congregándose y estableciendo sus tolderías en torno a su nuevo hogar.

Al tercero entraron a la sala ocho indios, tomaron el féretro y lo depositaron sobre una carreta.

Fuera del casco de la estancia los esperaban varios indios que formando un cortejo siguieron a la carreta.

Acompañaron a Lavalle en su retirada hacia el norte tras la derrota sufrida en Quebracho Herrado.