Durante el gobierno del presidente Manuel Bulnes Prieto, fue nombrado gobernador de Ovalle en 1847.

Este trágico hecho tuvo como resultado más de 2000 víctimas, principalmente niños y mujeres, entre ellas, su hermana, Mercedes Bascuñán Guerrero, de 28 años.

Larraín Gandarillas pidió al intendente la publicación de todas ellas para desvanecer el rumor de que la iglesia era «un foco de inmoralidad y corrupción»; sin embargo, Bascuñán Guerrero contestó al presbítero negando tal rumor aunque lamentó «que la superstición hubiera creado y fomentado prácticas imprudentes».

En ambos periodos integró la Comisión Permanente de Guerra y Marina.

Dejó la intendencia de la capital en 1864, cuando fue jubilado por el Congreso Nacional.