En 1812, durante la Independencia de Argentina, Aráoz se enroló como alférez en las milicias de Tucumán junto a sus tíos y su hermano Gregorio.

El 24 de septiembre resultó herido considerablmente pero pudo recuperarse.

Permaneció en la Fortaleza del Real Felipe, Perú, entre 1813 y 1821, cuando el General José de San Martín lo liberó de su cautiverio y lo nombró Gobernador del Callao.

Durante la Independencia del Perú fue ayudante de campo (primer edecán) de Simón Bolívar, encomendado por él como su representante en las conferencias para dialogar con el Mariscal José de la Riva Agüero quien pretendía la Presidencia del Perú.

El nombre del coronel Aráoz de Lamadrid es recordado especialmente en Perú: