El fraccionamiento celular o fraccionamiento subcelular es una técnica de laboratorio, tras la disgregación, en la que se intenta reagrupar las partículas, generalmente células u orgánulos celulares, en función de sus propiedades biofísicas.
Los orgánulos se mantienen en frío, en un medio isotónico y tamponado.
Con un cuidadoso trabajo se mantienen intactos los orgánulos celulares, siendo funcionales en gran medida.
En estas condiciones, los componentes de la célula se separan en función de su tamaño y densidad: los componentes de gran tamaño y más densos migran más rápidamente hasta el fondo a velocidades relativamente bajas y forman un sedimento.
El precipitado resultante (verde) se compone de componentes grandes y pesados.