Sin embargo, al administrar por vía oral, el flumazenil se absorbe en el tracto gastrointestinal, con un extenso metabolismo hepático de primer paso y una biodisponibilidad aproximadamente del 20%.

[4]​ El flumazenil tiene una base lipofílica débil y se distribuye unido a proteínas plasmáticas en un 50%.

[6]​ El flumazenil puede antagonizar el efecto sedante de los fármacos Z (Zopiclona, Zolpidem y Zaleplona).

[8]​ El Flumazenil no tiene efectos periféricos debido a que los receptores GABA-A por fuera del SNC son escasos.

Este fármaco también contribuye a una recuperación rápida tras intervenciones quirúrgicas menores, reduciendo el tiempo de observación postoperatoria.

[13]​ Los principales reacciones adversas del flumazenil son debidas a un aumento del efecto sobre el receptor de GABA-A y se manifiestan como  agitación, síndrome de abstinencia (con ansiedad, conducta agresiva, náuseas, vómitos, dolor abdominal, sudoración y temblores).

[16]​ No se debe utilizar para revertir los efectos de benzodiazepinas en intoxicaciones combinadas con antidepresivos tricíclicos.

Además, se debe tener precaución en pacientes con estados de ansiedad o pánico, enfermedad cardiovascular, traumatismo craneoencefálico, enfermedad convulsiva o abuso de benzodiazepinas, así como durante el embarazo y la lactancia, considerando siempre la relación riesgo-beneficio.

[18]​ El flumazenil se utiliza en veterinarias para revertir los efectos sedantes y la depresión respiratoria asociada a las benzodiacepinas en animales.

Además, se emplea para corregir el efecto sedante central de las benzodiacepinas en animales hospitalizados.

[22]​ Estas complicaciones han provocado un debate continuo en la comunidad médica sobre la eficacia real y la seguridad del flumazenil como tratamiento para la encefalopatía hepática.

Por lo tanto, aunque se presenta como una alternativa, su utilidad clínica en este campo aún está en evaluación porque la evidencia es muy baja.