La fludarabina se asocia con linfocitopenia severa, y como consecuencia, incrementa en gran medida el riesgo de infecciones oportunistas.

A los pacientes que han sido tratados con fludarabina normalmente se les receta cotrimoxazol o el uso mensual de pentamidina pulverizada para evitar infecciones por Pneumocystis jiroveci (neumonía).

Por esta razón, los pacientes que alguna vez hayan sido tratados con fludarabina sólo podrán recibir componentes sanguíneos irradiados.

[2]​ Generalmente las dificultades se encuentran al recolectar células sanguíneas madre periféricas de pacientes que han sido tratados previamente con fludarabina.

[3]​ La fludarabina fue producida por primera vez en 1968 en el Southern Research Institute por John Montgomery y Kathleen Hewson.