La flota fue establecida en 1731 como parte de la Armada Imperial Rusa, era conocida entonces como la Flotilla Militar del Mar de Ojotsk (1731-1856) y más tarde fue conocida como la Flotilla Militar Siberiana (1856-1918), ambas flotillas se formaron para defender los intereses rusos en la región del Extremo Oriente ruso, a lo largo de la costa del Océano Pacífico.

Durante la Guerra ruso-japonesa, la mayor parte de la Flota del Pacífico rusa fue destruida.

La Armada Imperial Japonesa derrotó a la Flota del Báltico rusa en la Batalla de Tsushima.

Varios submarinos lanzadores de misiles balísticos, y grandes cruceros se unirán a la flota en los próximos años.

El buque Nerpa era un submarino de la clase Akula (tiburón) perteneciente a la Flota del Pacífico, su construcción empezó en 1991, pero fue retrasada debido a la falta de financiación del gobierno ruso.