[2][7] Hacia 1896 el ferrocarril, además de las oficinas ya mencionadas, servía también a las oficinas salitreras Puntunchara, Rosario de Huara, Constancia, Progreso, Josefina, Tránsito, Aurora, Amelia, Slavia y Valparaíso.[4] También estuvo conectada a la oficina salitrera Democracia,[8] y también se podían acoplar a la red del ferrocarril las oficinas Jazpampa, Pacha, Aguada, Ángela, Sacramento, San Jorge y Tres Marías.[2] En 1931 el Ferrocarril de Agua Santa cerró sus operaciones,[3] mientras que 5 años más tarde la oficina salitrera homónima también finalizaba su producción.[4] En 1935 fue levantada parte de la vía,[5] mientras que unas inundaciones en 1940 destruyeron parte del trazado que aun estaba en pie, y al año siguiente parte de su infraestructura fue traspasada al Ferrocarril de Iquique a Pintados,[10] la cual posteriormente la arrendó a la Compañía Salitrera de Tarapacá y Antofagasta, que operó las vías que aun estaban en pie hasta el 7 de diciembre de 1951, cuando mediante el decreto 2432 se autorizó su devolución anticipada y el levante de las vías.[11] Santiago Marín Vicuña describe en 1916 la línea del ferrocarril con un trazado troncal que iba desde Caleta Buena a Negreiros, y un ramal hacia Huara.