[1]​Con este motivo pidió dejar la Compañía, siéndole denegada su petición por el propio Acquaviva.

Durante los años que seguirían, Mendoza, junto con su penitente la condesa de Lemos, formó parte de la facción lermista de la corte frente a la facción representada por la reina Margarita y su confesor, también jesuita, Richard Haller.

[2]​ Este nombramiento fue considerado por Mendoza como un triunfo del general Acquaviva.

En ese año fue preconizado y se le consagró como obispo.

En contraste con su desordenada vida como jesuita, ejerció de forma celosa su episcopado, promoviendo entre otras obras la instrucción del clero.