Fernando Montoya perteneció dentro del Radicalismo a la corriente Línea Córdoba hasta principio del año 2018 y lu Identidad Radical (Alfonsinismo) y Becerrista) que apoya la candidatura de Dante Rossi que apoya a Ramón Javier Mestre.,En abril de 2015 la Línea Córdoba propuso a Montoya como candidato a Legislador Provincial cargo que no asumió al no ser electo en las elecciones.
Fue convencional nacional de la UCR en el periodo 2016-2018 por la Línea Córdoba y nuevamente desde 2018 por Identidad Radical (alfonsinismo Beccerista).
Precandidatura 1999 En el año 1998 mientras cumplía su primer mandato como diputado Nacional, Montoya decidió presentarse como precandidato a intendente de Córdoba para las elecciones de 1999, pero para poder ganar la candidatura debía ir a internas contra el ex Vicegobernador (1987-1991) y Diputado Nacional (1993-2001), Mario Negri.
[2] Montoya había asegurado que si el lograba la candidatura y llegara a la intendencia solo estaría un mandato 4 años.
Precandidatura 2007 En el año 2007 Montoya vuelve a presentarse como precandidato a Intendente pero esta vez debería enfrentar en internas al Presidente del Comité Capital del partido, Ramón Javier Mestre, pero al ver el apoyo que estaba obteniendo Mestre decidió bajar su precandidatura el 5 de mayo a solo días de la fecha de las internas.