Tras su salida del PPD, fundó junto a Jorge Schaulsohn y Esteban Valenzuela el movimiento político Chile Primero.
El senador Flores continuó ganando protagonismo junto a los senadores independientes Carlos Cantero, Carlos Bianchi y Adolfo Zaldívar, ya que los dos bloques mayores, oficialistas y de oposición, se encontraban empatados ante esta votación, y fueron los votos de estos cuatro senadores los que terminaron por inclinar la balanza a favor de la destitución de Provoste.
[2] A lo anterior, se suma el abierto apoyo que Flores dio al candidato aliancista Sebastián Piñera en su campaña para llegar a la presidencia de Chile, y la incorporación del partido Chile Primero a la Coalición por el Cambio,[3] y el incidente que protagonizó el 7 de mayo de 2009 en una entrevista que concedió a la cadena CNN Chile.
[4] Este actuar político ha generado opiniones encontradas a su respecto.
Por un lado, partidarios de la Concertación le han tildado como traidor (incluso se han generado grupos en Internet para repudiar su actuar político), mientras que desde la Alianza por Chile se ha encomiado su actuar, caracterizándolo como consecuente y republicano.
Ha desarrollado trabajos teóricos y tecnología que abarcan desde la filosofía contemporánea, el coaching, reconociendo como antecedentes a autores como Heidegger, Maturana, John Austin y otros.
En el año 2005, durante una entrevista en el Canal 9 Regional de Concepción, el periodista Rodrigo Vilugrón le realizó una pregunta acerca de las eventuales contradicciones que podrían ocurrir al haber sido funcionario de la Unidad Popular y realizar sus campañas en su avión privado.
[6] En otro episodio ocurrido en el año 2009, al finalizar una entrevista en el canal CNN Chile en la que había sido cuestionado por su apoyo a la campaña de Sebastián Piñera a pesar de su pasado ex-Concertación, espetó al periodista Gustavo Manén: Jodiste porque no te voy a dar entrevista por un año, por puras preguntas huevonas, así es que te jodiste conmigo, todo esto mientras era despedido en cámara.