Haurowitz hablaba alemán como lengua materna, pero también dominaba el checo desde su infancia.
Allí trabajó bajo la supervisión del químico especialista en hemoglobina Richard von Zeynek (1869-1945) y de Hedwig Langecker.
En Praga, Haurowitz se licenció en 1922 y en 1923 obtuvo el título de Dr. rer.
En 1925, Haurowitz fue nombrado docente en Praga, lo que le proporcionó la seguridad financiera necesaria para casarse con Regina "Gina" Hedvika Perutz (1903-1983) en junio de 1925.
[2] En Praga, Haurowitz impartió cursos sobre química biofísica y avances recientes en bioquímica.
Fue movilizado brevemente como médico en el ejército checo, pero fue desmovilizado cuando Checoslovaquia cedió los Sudetes a Alemania.
[1] Durante su estancia en Estambul, sirvió de enlace entre muchas personas bajo ocupación nazi y sus contactos en los países aliados.
Sin embargo, Felix Haurowitz pasó dos años más en la Universidad de Estambul para cumplir su contrato académico, pero visitó a su familia en 1947.