Igualmente abandonará Monzón tras el abandono del gobernador del castillo y la posterior defensa frente varios ataques de una columna francesa del general Habert que posteriormente buscará atacarle por la retaguardia, por lo que se retirará a Tamarite evitando una batalla imposible de ganar, será durante esta retirada en la que recibirá una petición de auxilio del Concejo de Jaca para evitar la toma de la ciudad por los franceses, pero no llegará a tiempo debido a la rápida caída de la ciudad.
Tras esto se reorganiza en Tamarite e inicia una campaña de guerrilla, aunque también mantuvo combates más encarnizados como el que tuvo con el general francés Habert, quien marchaba a castigar la población de Albelda tras negarse esta a pagar las contribuciones impuestas por el general y que le hizo retirarse, realizando después de estas acciones otras tantas actividades de guerrilla en los alrededores de Huesca, en las que también participó su sobrino Pedro de Perena.
A pesar de esto aguantó varios embistes y tras un mes de asedio acordó con sus capitanes retirarse a la orilla izquierda del río Segre para así poder defender mejor la posición, tras lo cual el gobernador de Lérida le ordenó volver a la ciudad y cuando el oscense le mostró la imposibilidad de defender la posición sin subsistencias, el General Beguer intentó tomar la plaza de nuevo con parte de las tropas de Perena pero no pudo debido a que los franceses ya la habían tomado, por lo que debieron retirarse a Lérida.
[2] Ya en Lérida el general Jaime García Conde, lo arrestó y aprisionó en el castillo de la población, donde tras la caída de la ciudad ante los franceses pasó a ser prisionero de guerra, siendo conducido a Zaragoza.
[2] Durante el trienio liberal, al cual se adhirió, tomó el grado de comandante de Milicias Nacionales y participó activamente en las operaciones contra los realistas en Aragón durante los años 1822 y 1823, siendo encausado por la Real Junta de Purificaciones aunque no fue una pena dura ya que en el 1826 fue declarado purificado y siendo el mariscal de campo más veterano por aquel entonces fue ascendido a teniente general en el 1830.