Ya en Londres, Imlay la rechazó y, en un intento por revivir su relación, Wollstonecraft se involucró en negocios con Imlay en Escandinavia, que la obligaron a viajar con la pequeña Fanny de un año de edad, pero el asunto nunca se reavivó.

Cuatro años después, Godwin se casó con su vecina, Mary Jane Clairmont.

Por su parte, Fanny no pudo soportar el peso que recayó sobre ella, ni mucho menos la ira de su padrastro Godwin.

Mucha gente, incluyendo a las hermanas de Wollstonecraft, asumieron la idea de que ella estaba casada, y, por lo tanto, por extensión, que Fanny era hija legítima y así fue registrada como tal en Francia.

[11]​ Wollstonecraft regresó a Londres en abril de 1795, buscando a Imlay, pero él la rechazó; el siguiente mes ella cometería un intento de suicidio, pero Imlay le salvó la vida.

Cuando regresó a Inglaterra se dio cuenta de que su relación con Imlay había terminado e intentó suicidarse por segunda vez.

Salió en una noche lluviosa, caminó alrededor hasta empapar su ropa, y luego saltó al Río Támesis, pero un extraño la salvó.

El amor de Godwin hacia Fanny creció durante su relación con Wollstonecraft; trajo a su vuelta una taza de Josiah Wedgwood fabricada con cerámica y marcada con una “F” para considerar el encanto que sentía por Fanny y por Wollstonecraft.

[26]​ Sin embargo, Godwin en sí mismo no parecía especialmente preparado para la paternidad ahora que había dos niñas pequeñas que cuidar y no había fuente constante de ingresos.

[28]​ Aunque Godwin estaba encariñado con sus hijas, él era, en gran medida, un desastre al cuidar a los niños.

Ella nunca había estado casada y parecía querer a Godwin únicamente por su estabilidad financiera.

Además les sorprendió que Godwin sustituyera a Wollstonecraft con otra mujer.

[38]​ Fanny no recibió una educación formal después de que su padrastro contrajo matrimonio.