Con respecto a la causa evolutiva, Müller defendió la actuación de la selección natural en las larvas y no sólo en los adultos.
En particular, defendió que las larvas de los crustáceos brasileños podían ser afectadas por adaptaciones en cualquier estadio del crecimiento.
Estas ideas fueron desarrolladas y sistematizadas por Ernst Haeckel en su Morfología General, aunque la Teoría de la Recapitulación no añadió nada conceptualmente novedoso respecto a lo postulado por Müller.
[3] Gilbert ha señalado que la obra de Müller contiene también el germen de otras teorías posteriores: la canalización, las constricciones del desarrollo y la teoría del equilibrio puntuado.
[4] En 1880, Müller propuso un triple paralelismo entre ontogénesis, filogénesis y regeneración.