Bautizado a la semana de nacido, en la iglesia del Santo Ángel Custodio, por el sacerdote dominico Miguel Hernández, capellán del regimiento Fijo de La Habana, al que pertenecen su padre y su abuelo Bartolomé Morales, este último fue su padrino junto con su tía, Rita (Josefa) Morales y Medina; a los que se les recuerda responsabilidad en la educación cristiana y moral del pequeño, más que en 1792, contando Félix con solo tres años, fallece su madre,[4] quedando éste junto a sus dos hermanas al amparo de sus padrinos, así como su abuela y sus otras tías Margarita e Isabel, se ocuparán de él ante la incapacidad del padre, aI dedicarse por entero a su carrera militar, casi siempre de viaje en misión de servicio.
Cuando tenía catorce años su abuelo le propuso empezar la carrera de cadete en una escuela militar, pero Varela pide entrar en un seminario para hacerse sacerdote.
[5] A los veinticuatro años es nombrado profesor de Filosofía, Física y Ética en el seminario habanero.
Allí prepara el primer laboratorio de física y química del país.
El mismo Varela, consciente de la importancia de su cátedra, dice sobre la misma: Su labor política no fue menos meritoria, fue elegido diputado ante las Cortes Españolas, representando a Cuba, y partió para España con treinta y cuatro años, sin saber que no volvería a ver Cuba.
Por esta razón es condenado a la pena de muerte junto con otros diputados que mantuvieron la misma convicción.
Tiene treinta y cinco años de edad e inicia una ardua labor propagandística en pos de la independencia, fundando en Filadelfia el primer periódico independentista llamado "El Habanero" (1824-1826), donde escribe: Aunque se le atribuye[9] la autoría de la novela histórica Jicoténcal, publicada en forma anónima en Filadelfia en 1826, esta obra también ha sido atribuida a autores como José María Heredia y Félix Mejía.