Según el historiador Jean Meyer, inició su carrera militar en el ejército villista, donde sirvió hasta junio de 1913.
Durante su servicio militar, estuvo bajo las órdenes de destacados generales como Crispín Robles Villegas y Enrique Estrada Reynoso.
Félix Barajas desempeñó un papel activo durante la Guerra Cristera, destacando su participación en el Segundo Sitio de Tepatitlán, donde lideró un contingente que fue repelido por el mayor Quirino Navarro.
[2] En 1928, Barajas se unió al Regimiento Gómez Loza, consolidando uno de los escuadrones más activos del conflicto.
Centraron sus ataques principalmente en Puente Grande, logrando la toma de la ciudad a finales del mismo año, en una operación conjunta con el coronel Gabino Flores.