Trabajó con diplomáticos extranjeros en Washington para convencerlos de que la exploración se hacía con fines científicos y no pondría en peligro sus intereses.En respuesta, Freeman exigió a los españoles que presentasen sus objeciones al paso del grupo por escrito y el nombre de la autoridad bajo la cual eran tomadas esas medidas.[5] El grupo de Freeman era altamente superado en número, y el presidente había ordenado a la expedición que evitara cualquier conflicto con los españoles.La expedición se volvió al día siguiente, regresando río hasta el punto de partida.El final abrupto de la expedición, y la vergüenza política que causó la administración Jefferson, eclipsó sus hallazgos.Sin embargo, no se realizaron comentarios oficiales sobre estos eventos, y solamente un folleto impreso fue inicialmente el único material publicado sobre la partida.sobre la expedición militar en su territorio, pero, como las naciones no estaban en guerra, sus tropas escoltaron a Pike y la mayoría de sus hombres hasta la frontera de Luisiana y los pusieron en libertad más tarde, ese mismo año.)[6] En parte debido al furor diplomático suscitado por la interceptación de la expedición, España cambió su estrategia y abrió el país del río Rojo a los comerciantes.[6] Otro explorador y militar estadounidense, Randolph Barnes Marcy, finalmente encontró las cabeceras del río Rojo en 1852.
Mapa de la cuenca y curso del río Rojo, un río que la expedición no logró reconocer ni en la mitad de su longitud.
Mapa de la ruta seguida por la expedición Río Rojo. Publicado por Nich. King, 1806.