Cuando tenía once años, la pista de hielo donde Yevgueni entrenaba en Volgogrado cerró.Posteriormente, fue enviado a San Petersburgo para entrenar bajo la tutela de Alekséi Mishin.Al año siguiente, a los 15, terminó tercero en el Campeonato Mundial de Patinaje Artístico superior.En ese momento, Mishin también entrenaba a Alekséi Yagudin, que ganó el Campeonato del Mundo en 1998.A partir de entonces, Yagudin y Pliúshchenko desarrollaron una feroz rivalidad que continuó a lo largo de los años, ya que en repetidas ocasiones ambos patinadores eran favoritos para los principales títulos.En los Juegos Olímpicos de Salt Lake City 2002, Pliúshchenko y Yagudin eran los principales contendientes por el título.En la temporada 2005/2006, se vio obligado a retirarse del Campeonato Mundial en Moscú tras sufrir una lesión en el programa corto, y tampoco pudo competir en la final del Grand Prix, tras operarse en Múnich, Alemania, en la primavera de 2005.En 2008, patinó durante la actuación de Rusia en el Festival de Eurovisión junto al cantante Dima Bilán, ganador del certamen y al virtuoso violinista Edvin Marton.También ha aterrizado bucles y lutzes cuádruples en prácticas de entrenamiento, pero nunca en competición.